古くは北山の神として太古山背国葛野郡衣笠村に降臨された天神地祇で、古くより土地の人々の信仰を集めていた。天長８年、この地に氷室が設けられ、その夫役が加賀の国より移住し、その地で崇敬していた管生石部神の分霊を勧請して、子々孫々の氏神とすべく、北山の神の西隣に祀って、祭神を管生石部神の御母木花開耶姫命と定める。応永４年足利３代将軍義満が西園寺北山殿を山荘として造営するにあたり、参拝に不便となり両社を合祀し、現在地に移転、６００年に至る。
（「京都十六社朱印めぐり」参照）