貞観１８年（８７６年）に、神祇官並びに陰陽寮より、「この年隣境に兵災有りて秋には疫病多いに民を悩ます」と清和天皇に奏上があった。天皇は勅を下し、五畿七道の諸神に国家と民の安全を祈願した。この際、従五位上出羽守藤原興世は勅使として、感神院祇園社（八坂神社）に七日間祈願した。その満願の夜、夢枕に老翁が立ち「帝都の東祇園の東北に牛頭天王（素盞鳴尊）に縁の土地有り。その地に我を祭れば必ず国家と民は安全なり。我は大己貴神なり。」と告げられた。興世は「神意なり」と奏上し、勅命により奉行としてこの地に社を建ててご神霊をお祭りした。また上古粟田氏の氏神として創建されたとも伝えられる。
（「粟田神社由緒書」参照）